El I.E.S. Santo Tomás de Aquino nace, como tal, el 1 de julio de 1994 al fusionarse el antiguo I.B. Santo Tomás de Aquino y el I.F.P. de Iscar.

Sus orígenes más remotos se remontan a los años 60 en los que funcionaba como academia y colegio privado ya con el nombre de Santo Tomás de Aquino. En 1969 pasa a ser Centro Homologado dependiente del I.B. Zorrilla para los chicos y del I.B. Núñez de Arce para las chicas.

En 1977 se pone en marcha una Sección de Formación Profesional dependiente del I.F.P. Politécnico de Valladolid y al mismo tiempo el Centro Homologado de Bachillerato pasa a depender del I.B. de Portillo.

El 1 de octubre de 1979 nace con entidad propia el Instituto de Bachillerato Santo Tomás de Aquino siendo su Director D. Heliodoro Pastrana Morilla que ejerce su cargo hasta el 30 de junio de 1982 en que es sustituido por D. Juan José Sánchez Riesco que permanece en el cargo hasta el 30 de junio de 1985 siendo sustituido por D. Luis Rebolleda Lambás. El 1 de julio de 1988 es nombrado director D. Rogelio Bausela Muriel que permanece en el cargo hasta la desaparición del Instituto de Bachillerato el 30 de junio de 1994.

Por su parte, el 1 de octubre de 1985 se funda el Instituto de Formación Profesional de Íscar que estrena edificio propio, junto al Instituto de Bachillerato, bajo la dirección de D. Antonio Escudero Díez que es sustituido el curso siguiente por D.ª Rosa Mª Herrero Caviedes que ejerce el cargo hasta la fusión con el Instituto de Bachillerato.

El 1 de julio de 1994 nace el IES de Íscar bajo la Dirección de D. Rogelio Bausela Muriel que permanece en el cargo hasta el 30 de junio de 1996 en que es nombrado D. Jesús Loya Alfonso. En junio de 1997 el I.E.S. recupera su denominación tradicional y pasa definitivamente a ser Instituto de Educación Secundaria Santo Tomás de Aquino.